El Sumo Pontífice León XIII, al eregir la diócesis de Tunja mediante la Bula Infinitus Amor del 29 de julio de 1880, tuvo a bien ordenar al mismo tiempo la erección del Seminario Diocesano. En el capítulo X de la Bula leemos lo siguiente: «Más, para que a manera de nuevos olivos en la viña del Señor, puedan crecer para la nueva diócesis tunjana doctos y probos sacerdotes, determínese que se establezca un Seminario de alumnos eclesiásticos» . El Decreto de ejecución de la citada Bula Infinitus Amor, expedido por el ilustrísimo Señor José Romero, Obispo de la Diócesis de Santa Marta y delegado especial de la Santa Sede, el 14 de marzo de 1881 en el capítulo octavo, ordena expresamente: «Establécese en la ciudad de Tunja un seminario de alumnos eclesiásticos en el cual habrá escuelas elementales gimnasio y liceo, en donde se enseñen sanos principios de filosofía y teología» y el mismo decreto de ejecución de la Bula en su capítulo décimo adjudica al Seminario tres partes del producto de las rentas decimales que irían a conformar sus primeros recursos materiales para sostenimiento y garantía de la obra. En obedecimiento, pues, a estos expresos mandatos, y convencidos de que la obra vital, indispensable, el Alma Mater de una diócesis es el Seminario, los prelados que han gobernado la diócesis de Tunja, han procurado después de fundado, conservarlo y hacerlo crecer a fin de que cumpla cabalmente con la misión de convertirse en la piedra angular sobre la cual reposa la efectiva prosperidad de esta Iglesia particular. El Seminario, empezó sus tareas de una manera formal solo con la creación de la diócesis. Sin embargo, conviene tener presente que años atrás habían venido funcionando colegios de carácter religioso que se convirtieron en la ruta abierta y señalada para su creación. Por ejemplo, el presbítero Luis Niño, más tarde Obispo de Nueva Pamplona, trasladó de Santa Rosa de Viterbo a la ciudad de Tunja el Colegio de la Santísima Trinidad, que él mismo había fundado en 1845. Igual mención del Colegio de Santo Tomás de Aquino, fundado y sostenido con incansable anhelo por el ilustrísimo Señor Higuera; este colegio más tarde se convirtió en el Seminario Menor de la diócesis de Tunja. Elegido el ilustrísimo Señor Higuera, Administrador de la diócesis de Tunja, mientras se nombraba Obispo propio, uno de sus grandes proyectos era la formación del clero y, por consiguiente, el establecimiento del Seminario. Así se expresaba: «Bien sabéis que uno de los deberes más importantes de un prelado y una de las necesidades urgentísimas de una diócesis, es la formación del clero, para que haya siempre quien distribuya el pan divino a los pequeñuelos y quien dispense los tesoros de la religión por medio de los santos sacramentos que son la fuente de la gracia» 4. Para dar forma concreta a la realización de este proyecto, desde el primer momento, Monseñor Higuera quiso establecer de una manera definitiva y regular el Seminario de la diócesis, con personal docente idóneo y capaz de llenar las aspiraciones de su corazón de pastor. Entonces, dirigió su mirada a la Congregación de la Misión, la cual, como canta la Iglesia, suscitó Dios «Ad cleri disciplinam», en orden a la formación del clero. El celoso administrador decía: «El deseo del mejor éxito de nuestros trabajos en la educación del clero, nos ha hecho pensar seriamente en poner el establecimiento bajo la dirección de los famosos y hábiles religiosos lazaristas, quienes se han prestado a venir en el momento de ser llamados y en proporción de nuestros recursos para traerlos» . Sin embargo, el anhelo del ilustrísimo Señor Higuera no tuvo plena realización sino diez años más tarde, cuando los sacerdotes de la Misión, llamados por el ilustrísimo Señor Perilla, rehicieron cargo de la dirección del Seminario.

Antes de realizarse el pensamiento de confiar el Seminario a la dirección de los hijos de San Vicente de Paúl, el prelado juzgó que, por sus dotes de inteligencia y de virtud, el mejor para dirigir el establecimiento era el ilustrísimo Señor Bonifacio A. Toscano, Obispo de Centuria, y lo nombró Rector del Seminario, según decreto del 31 de octubre de 1881. El decreto citado precisa lo siguiente: «El Obispo Gobernador de la Diócesis, considerando: Que la primera necesidad de la diócesis es la proveniente de la carencia de sacerdotes, necesidad que se ha de sentir cada día por las multiplicadas exigencias a las que hay que atender; que el establecimiento del Seminario de la diócesis, en consecuencia, es de preferente cuidado; que para que tal establecimiento llene cumplidamente su objeto y satisfaga las esperanzas puestas en él, es preciso rodearlo de la respetabilidad de ciencia y de virtud que sea una segura prenda, en cuanto al venerable clero para el porvenir de la diócesis; que el ilustrísimo y reverendísimo Obispo de Centuria, doctor Bonifacio A. Toscano, por su elevada dignidad y práctica en la educación de la juventud, por su virtud, ciencia y demás dotes personales, colmará estas aspiraciones, y no rehusará el prestar su valioso contingente tan laborioso como meritorio en bien de la Iglesia y del lugar de su nacimiento. Decreta: Artículo único: Nombramos Rector del Seminario Conciliar de la diócesis al reverendísimo Señor Obispo de Centuria, Doctor Bonifacio A. Toscano. Firma: Moisés Obispo Gobernador» . La respuesta del Señor Toscano fue positiva, a pesar de su edad y falta de salud, como él mismo lo expresó. Pero, animado por el deseo de prestar a la Iglesia y al país de su nacimiento, aceptó, repitiendo las palabras de San Martín de Tours, patrono de la Iglesia de Sogamoso en donde recibió el bautismo y expresó que no rehusaba el trabajo: «Non recuso laborem» (Primer Rector: 1881-1882) Es conveniente consignar en los datos históricos, que además del Seminario y como complemento de él, el ilustrísimo Señor Higuera, como lo manifiesta en su primera pastoral se proponía fundar una Universidad Católica, y elevó a la Santa Sede la petición respectiva. Este proyecto de universidad no llegó a cristalizarse, pero en todo caso, honra la memoria de su autor. Durante la administración del Señor Higuera el seminario funcionó en casas particulares. Pero una vez tomó posesión el ilustrísimo Señor Severo García Barreto (primer Obispo titular: 1882-1886), puso todo su empeño por conseguir un local propio y adecuado en el que los alumnos pudieran disfrutar de algunas ventajas materiales. Y para esto compró la mitad del antiguo convento de las religiosas concepcionistas y habiéndolo preparado y añadido a la parte sur algunos tramos, obra en la que fue secundado eficazmente por el síndico del establecimiento doctor Miguel Arias Chacón, tuvo la satisfacción de albergar en él a los alumnos que desde el primero de febrero de 1882 habían ingresado al seminario bajo la sabia dirección del ilustrísimo Señor Toscano como rector y el doctor Lucas A. Toledo como vicerrector. Habiendo sido nombrado el ilustrísimo Señor Toscano Vicario General de la Diócesis, y más tarde Deán del Capítulo Catedral, fue reemplazado en el cargo de Rector del Seminario por el Doctor Pedro J. Maz (Segundo Rector: 1882-1884), sacerdote ecuatoriano que hacía algún tiempo se había establecido en esta jurisdicción eclesiástica. El doctor Maz fue nombrado canónigo Magistral en la Catedral de Tunja. De pocos años fue la permanencia del Dr. Maz a la cabeza del establecimiento, pues ya en el 1884, entrado el año, encontramos al Dr. Aquilino Niño como Rector del Seminario (tercer rector 1884 – 1887); el Dr. Niño venía de ser Rector del Seminario de misiones de Casanare. El ilustrísimo Señor José Benigno Perilla y Martínez (segundo Obispo titular: 1887-1903), conocedor de los méritos del doctor don Adolfo Perea, después Obispo de la Diócesis de Pasto- lo puso al frente de la dirección del Seminario (Cuarto Rector: 1887-1888), cargo que desempeñó con tanto acierto que mereció ser nombrado Secretario de Instrucción Pública por el Gobierno civil, y canónigo en el Capítulo Catedral de Tunja. Como Rector del Seminario de Tunja y para suceder al Doctor Perea, fue nombrado el doctor Manuel María Camargo quien se había educado en el Seminario de Bogotá (Quinto Rector: 1888-1891). Cuatro años regentó el establecimiento con muchísimo acierto. Durante la administración del doctor Camargo el número de alumnos aumentó considerablemente, de modo que el antiguo convento de las Concepcionistas, aún con las reformas que se la habían hecho, era demasiado reducido, y por esta razón el ilustrísimo Señor Perilla hizo añadir un tramo de dos pisos, en donde fueron instalados el comedor y algunas dependencias del servicio de cocina en el piso bajo y un espacioso salón de estudios en el piso superior. El doctor Camargo después de haber regentado el Seminario de Tunja, se estableció en la Arquidiócesis de Bogotá en donde murió de edad muy avanzada.

El proyecto de traer a los sacerdotes de la Misión para la dirección del Seminario, concebido por el ilustrísimo Señor Higuera en el principio de la fundación de la diócesis, no tuvo pleno cumplimiento sino en el episcopado del ilustrísimo Señor Perilla. En el mes de julio de 1891, el reverendo Padre Jorge Reveliere, a la sazón visitador de la provincia de Colombia de los Padres Lazaristas hizo un viaje a Tunja, acompañado por el Padre Marcos Puyo a fin de darse cuenta personalmente de la obra que se le encomendaba y cerrar de una manera definitiva con el ilustrísimo Señor Obispo Perilla el contrato para la dirección del Seminario. El Padre Juan Floro Bret fue nombrado superior de la nueva fundación (Sexto Rector: 1891-1892): Con el Padre Daniel Hoyos llegó a Tunja en el mes de noviembre de 1891 y a finales de enero de 1982 llegaron los demás superiores. En número de trece fueron los Rectores Lazaristas del Seminario, que era mayor y menor conjuntamente. Nacido el Padre Bret en Francia, hizo sus estudios de Humanidades en el Seminario de San Jodart, y sus estudios eclesiásticos en París en la casa de la Congregación. Muy pocos meses duró el Padre Bret en la dirección del Seminario en razón de su enfermedad, pero ese tiempo tan corto fue más que suficiente para que su memoria hubiera quedado grabada en el corazón de sus discípulos. Sucesor del Padre Bret, fue el Padre José Pron (Séptimo Rector: 1892- 1896), joven sacerdote que acababa de ser enviado por sus superiores a la provincia de Tunja. Durante los cuatro años de permanencia del Padre Pron como Rector del Seminario de Tunja, el ilustrísimo Señor Perilla llevó a feliz término la construcción del Seminario Mayor siendo director de la obra el mismo Padre Pron, quien a pesar de la grave enfermedad que le iba minando su salud poco a poco, y no obstante los inconvenientes de la guerra civil de 1895, no desmayó en ningún momento en la ejecución de los trabajos animando a maestros y obreros con su presencia en medio de los trabajadores. Los trabajos de construcción duraron dos años no obstante las dificultades apuntadas. Los ejecutaron los maestros Leví y Reyes Cediel quienes esculpieron en la fachada del Seminario el escudo del Prelado y la inscripción bíblica latina: “Sapientia aedificavit sibi domum” (Prov. 9,1). El profundo barranco que existía detrás del Seminario Mayor fue colmado en gran parte por el trabajo de los mismos alumnos del Seminario, y sobre el amplio terraplén se construyeron los patios de recreo para los jóvenes del seminario menor y mayor que tanto servicio les prestó a muchas generaciones. Durante el rectorado del Padre Pron se dotó también al Seminario con los laboratorios de física y química cuyos elementos y máquinas fueron traídos directamente de Europa. Estos gabinetes, aumentados y mejorados en el transcurso de los años, prestaron excelentes servicios para la enseñanza de las ciencias, bajo la dirección del tan conocido profesor de ciencias Padre Alfonso María Navia. En razón de la enfermedad del Padre Pron, fue reemplazado en el cargo de Rector, por el Padre Constantino Veltin, (Octavo Rector: 1896-1901), natural de Alsacia. Son muy gratos los recuerdos que todos los alumnos conservan del Padre Veltin. Su prudencia, su afabilidad, y su don de gentes eran proverbiales no solo entre sus discípulos, sino entre los eclesiásticos y las personas seglares con quienes tenía que tratar en fuerza de su ministerio. En difíciles circunstancias fue enviado de nuevo como Rector el Padre Pron en el año de 1901 cuando apenas empezaban a silenciarse los estrépitos de las contiendas civiles y tiempo después también por la diócesis en estado vacante por espacio de tres años con la muerte del ilustrísimo Señor Perilla (3 de marzo de 1903). En esta segunda etapa permaneció el Padre Pron al frente del establecimiento por espacio de seis años, durante los cuales se construyó la parte occidental del Seminario Mayor. El ilustrísimo Señor Eduardo Maldonado Calvo (Tercer Obispo Titular: 1905-1932) en terreno comprado al gobierno civil construyó la casa de San Juan Bautista Vianney para sacerdotes ancianos. Más por el sitio inadecuado y el clima de frío intenso, impidió que se cumpliera el fin para el cual fue construida, y se destinó con otras reformas, para sitio de servicio de alimentación de los alumnos del Seminario y allí fueron colocadas las Hijas de la Caridad como directoras del personal que trabajaba en este oficio (el economato). El Padre José María Potier (Décimo Rector: 1907-1924) reemplazó al Padre Pron en la dirección del Seminario. Nacido en la Bretaña Francesa el Padre Potier hizo sus estudios eclesiásticos en la casa Dax, y ya apenas ordenado los superiores lo enviaron como misionero a la República de San Salvador. Trasladado a Tunja en 1904 permaneció en el Seminario hasta el año de 1923 en que fue nombrado Prefecto Apostólico de Arauca. Al ser nombrado el Padre José M. Potier Prefecto Apostólico de Arauca vino a desempeñar la Rectoría del Seminario el Padre Francisco Antonio Hernández (Undécimo Rector: 1924-1934). En la época de este benemérito sacerdote la obra del Seminario Menor quedó concluida, y el último tramo nuevo sostenido en una grandiosa arquería de cemento, fue inaugurado en el mismo tiempo del Padre Hernández como Rector el 6 de noviembre de 1932, fecha en la cual la sociedad tunjana celebraba el cuadragésimo aniversario de la venida de los sacerdotes de la Misión al Seminario de Tunja. Desde entonces, corta fue la permanencia del Padre Hernández frente al establecimiento, pues la ancianidad y las enfermedades inhabilitaron aquella robusta constitución para el cargo para el cual había entregado todas sus energías. En el año 1934 se retiró a la residencia de Cali y vino a reemplazarlo el Padre Martiniano Trujillo, maestro de novicios de la casa de Bogotá. Por esta época regía ya la diócesis de Tunja después de la muerte del Obispo Maldonado Calvo, el ilustrísimo Señor Crisanto Luque Sánchez (Cuarto Obispo Titular: 1932-1950) quien estuvo muy cercano a los padres lazaristas en su misión de formación de los futuros sacerdotes en el Seminario. El Padre Trujillo ya había estado en el Seminario de Tunja en el cargo de procurador y de profesor de Ciencias Eclesiásticas, y ahora nuevamente en el Seminario pero ya como Rector (Duodécimo Rector: 1934-1938). Cuatro años solamente desempeñó el Padre Trujillo el rectorado, pues en el año de 1938 fue nombrado por el Superior General Visitador de la provincia de Colombia. El Padre Bernardo Botero Álvarez reemplazó al Padre Trujillo en la dirección del Seminario (Décimo Tercer Rector: 1938-1944). El Padre Botero fue Rector de los seminarios de Santa Rosa de Cabal, Ibagué y Tunja. Rigió los destinos de este último Seminario de 1938 hasta julio de 1944. Digno de mencionarse es que el año 1941 fundó la revista del Seminario llamada Seminarium. En agosto fue consagrado en Bogotá Obispo de la ciudad de Santa Marta. Entre los años 1944 y 1951 desempeñaron el cargo de Rectores del Seminario de Tunja los siguientes beneméritos sacerdotes: el Padre Antonio José Reyes (Décimo cuarto Rector: 1944-1948), nombrado luego Maestro de novicios; en 1948 el Padre Guillermo Kerremans (Decimoquinto Rector: 1948), nombrado luego Visitador en Centro América; el Padre Francisco Tulio Botero Salazar (Décimo sexto Rector: 1948-1949), designado luego como Obispo Auxiliar en Cartagena; el Padre Enrique Vallejo (Décimo séptimo Rector: 1949), nombrado luego Prefecto Apostólico de Tierra dentro; y por último, el Padre José Naranjo (Décimo octavo Rector: 1950-1951) y último de la época de los Padres Lazaristas.

En esta nueva etapa de la historia del Seminario el Obispo de la Diócesis era el ilustrísimo Señor Ángel María Ocampo Berrío (Quinto Obispo Titular: 1951-1970; Primer arzobispo de Tunja desde 1964). Al vencerse un período de contrato entre la Diócesis y la Comunidad de los Padres Lazaristas en 1951, el excelentísimo Señor Ángel María Ocampo y el Padre Martiniano Trujillo, provincial en Colombia de la Congregación Religiosa de los Padres de la Misión (Padres Vicentinos), no pudieron llegar a ningún acuerdo. Entonces, el Prelado Diocesano organizó el Seminario con una extensa nómina de su clero de lo más preparado y prestante que tenía. Por Decreto del 25 de junio de 1951 nombró Rector del Seminario al Señor Canónigo Felipe Santiago Cuervo (Décimo nono Rector: 1951-1953) y Prefecto General de Estudios al Señor Canónigo Adán Puerto Sánchez; Director espiritual al Canónigo Neftalí Gabriel Gómez; Vicerrector al Padre Juan Eliseo Mojica; segundo director espiritual y Prefecto de Disciplina al Padre Juan José Mojica; Síndico al Padre José de Jesús Tellez; Procurador al Padre Rafael Aníbal Márquez; ecónomo al Padre Nepomuceno León; directores espirituales del Seminario Menor a los padres Miguel Medina y Antonio María Latorre; profesores internos a los sacerdotes Pedro León Gómez, Luis Leví Leguizamón, Venancio López y Luis Francisco Supelano; Profesores externos a los padres Ernesto Reyes Sarmiento, Florentino Barrientos, Jorge Monastoque y Roberto Avella. La sede del Seminario en esta etapa fue la misma que venía ocupando con los padres lazaristas, construida en su tiempo y exprofesamente para los dos seminarios: mayor y menor; dos edificios contiguos, distintos pero comunicados entre sí. Ya desde el año de 1920 había sido inaugurado el edificio nuevo del Seminario Mayor con presencia del Señor Presidente de la República, Don Marco Fidel Suárez. Por ese entonces, este edificio fue considerado como uno de los mejores del país. Posteriormente fue arrendado ala Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia de Tunja y ocupado por las residencias femeninas de la Universidad y actualmente arrendado a la Fundación Universitaria Juan de Castellanos . Estaba constituido por un claustro de tres pisos con unas 70 habitaciones para seminaristas y unas 6 habitaciones más amplias para los superiores, un pequeño salón-capilla, una sala-depósito de libros (biblioteca), un aula de clase para filosofía y otra para teología. El claustro encerraba un patio ocupado por un jardín que durante muchos años tuvo sembrados tres pinos arreglados para figurar una cruz, un cáliz con hostia emergente y un corazón rematado por una cruz; estos pinos los arreglaba durante muchos años el mismo Padre Enrique Cosyn C.M., quien durante 41 años fue superior y Vice Rector del Seminario Mayor. El otro edificio era parte del antiguo convento de las Concepcionistas. En 1934 se inauguraba un nuevo claustro de dos pisos en ladrillo recubierto para aulas, laboratorios de física y de química, comedor y servicios del Seminario Menor; en 1947 el teatro, y sobre él dos pisos con grandes salones para dormitorios generales del Seminario Menor. De este nuevo edificio formaba parte una torre, inicialmente destinada para estudio de radio. Actualmente la parte central de este edificio ha sido arrendada al Colegio Gran Colombia, y la parte que da a la calle (que está siendo refaccionada), desde enero del 2002 la ocupará el Instituto Universitario Juan de Castellanos. El 28 de febrero de 1953, el Padre Juan Eliseo Mojica Oliveros, fue nombrado nuevo Rector del Seminario (Vigésimo Rector: 1953-1955). Dos escasos años permaneció en la Rectoría el Padre Juan Eliseo Mojica (después consagrado Obispo auxiliar de Tunja), y por algunas circunstancias, fue nombrado interinamente para reemplazar al Padre Mojica, el Señor Canónigo Neftalí Gómez, el 17 de febrero de 1955 (Vigésimo Primer Rector: 1955). Durante este año Monseñor Ángel María Ocampo B. con una visión de futuro extraordinaria, inició el proyecto de construcción del nuevo Seminario y en este año se colocó la primera piedra. El 2 de junio del mismo año reasumió la Rectoría el Padre Juan Eliseo Mojica, quien permaneció al frente de este cargo, dirigiendo los dos seminarios: mayor y menor, durante un período de dos años largos (Vigésimo Segundo Rector: 1955-1958). El 1º de febrero del año de 1958 fue designado nuevo Rector el Padre Juan José Mojica, después miembro también del Capítulo Catedral. El Sr. Canónigo Juan José Mojica fue rector del Seminario durante 5 años (Vigésimo tercer Rector: 1958-1963). En el entretanto el ilustrísimo Señor Obispo Ángel María Ocampo Berrío estuvo enviando a prepararse a la ciudad de Roma sacerdotes jóvenes para que a su regreso desempeñaran la misión de formadores en el Seminario, tales como: el Padre Pedro León Gómez, el Padre Demetrio Galindo, el Padre Martín Amaya, el Padre Álvaro Raúl Jarro Tobos, el Padre Francisco Supelano y otros más, que constituirían más tarde las nuevas generaciones de formadores de los futuros sacerdotes. A partir del año 1963 la Compañía de Jesús puso término a su labor docente en el Colegio José Joaquín Ortiz, uno de los mejores establecimientos de educación para la juventud tunjana y boyacense. Se hicieron intentos de trasladar el Seminario a las instalaciones que desocupó el Colegio Ortiz, que siguieron siendo propiedad de la diócesis de Tunja. A pesar de que se trataba de unas instalaciones relativamente grandes, resultaban insuficientes para albergar a todo el Seminario. Por eso se optó por separar los dos seminarios: el mayor y el menor. El primero siguió funcionando en las instalaciones habituales bajo la dirección de Monseñor Pedro León Gómez (Vigésimo Cuarto Rector: 1963-1965). El segundo, con el nombre de Colegio-Seminario José Joaquín Ortiz fue regentado por el Padre Nepomuceno León; éste habría de subsistir solo hasta el año de 1972.

La historia del Seminario vivió un momento importante de la vida de la Iglesia, que fue el Concilio Vaticano II, y de la vida de la diócesis que fue la construcción del edificio nuevo para el Seminario. Por eso, en este recuento histórico parece significativo constituir y encuadrar la historia del Seminario como dentro de una nueva etapa 8.

Separados los dos seminarios: mayor y menor, la organización de cada uno también funcionó de manera autónoma. Fue a Monseñor Pedro León Gómez, como nuevo Rector del Seminario Mayor, a quien le correspondió iniciar ésta, que estamos llamando nueva etapa. Un primer año en la sede antigua, mientras progresaban los trabajos de la nueva, cuyas condiciones no permitían ser ocupadas todavía. Solo hasta después de unas prolongadas vacaciones de los seminaristas y tiempo apropiado para el “trasteo”, el día 30 de abril de 1964 fue ocupada la nueva sede.

La nueva sede está situada en lo que entonces eran las “afueras” de Tunja, vereda “La Colorada”, al norte de la ciudad en unos predios comprados al señor Francisco Ruiz. El proyecto de construcción – como ya se dijo – se empezó a elaborar desde el año 1953, en el 1955 se colocó la primera piedra por iniciativa del Señor. Obispo Ocampo, con la eficaz colaboración de Monseñor José Joaquín Salcedo, director de ACPO, y de los Rectores de la época, Monseñor Juan José Mojica Márquez, Monseñor Pedro León Gómez y más tarde el Padre Alvaro Raúl Jarro, y otros como el Padre Abraham Gaitán y el Padre Guillermo Mojica.

El Seminario se trasladó a su nueva sede, pero solo estaba habitable una mínima parte y lo demás era “obra negra”; se necesitarían 30 años para terminar completamente su construcción y amoblamiento. Digno de anotarse la gran ayuda que los mismos seminaristas de esta época dieron para el arreglo, culminación y embellecimiento del seminario.

El 28 de diciembre de 1965 fue nombrado Rector del Seminario Mayor el Padre Álvaro Raúl Jarro Tobos (Vigésimo Quinto Rector: 1965-1984), después primer Obispo de Chiquinquirá. Durante el tiempo del Rectorado del Padre Jarro fueron terminados los espacios para servicios comunes, comedor, aula magna, biblioteca, y todas las habitaciones de los seminaristas (126) completamente amobladas y con baño privado, las habitaciones de los padres (6 en el edificio y 8 en la zona de habitaciones – padres); años más tarde quedó terminada la obra de la capilla, hermosa muestra de arte y belleza arquitectónica, y años más tarde el teatro.

El sector que da a la carretera antigua, que de acuerdo a los planos es la entrada al Seminario y en donde figurarían las oficinas centrales, por la necesidad del momento, fue cedido en calidad de préstamo al Instituto Catequístico Juan de Castellanos fundado por el Padre Álvaro Isaac Castillo Dueñas. Este tramo también estaba en obra negra, y el Instituto lo arregló, le hizo las mejoras y lo adaptó para tal fin.

Durante toda esta época, del postconcilio y hasta el presente los señores Obispos de la diócesis, primero Monseñor Ángel María Ocampo, luego Monseñor Augusto Trujillo Arango y actualmente Monseñor Luis Augusto Castro Quiroga, han continuado el envío de sacerdotes a las universidades de Roma y otras universidades para prepararse a la tarea de la formación de los futuros sacerdotes. Las diferentes crisis que aparecieron por la época de los tiempos conciliares (antes, en y después del Concilio), también afectaron la vida diocesana y del seminario como en otras partes. Se tuvo una visión y posición preventiva, y las crisis fueron superadas con éxito. Muchos seminarios y casas de formación se vieron afectados, hasta cerrar y terminarse. En Tunja, no sin luchas y grandes esfuerzos, incluso por salvar el edificio de ser enajenado por la falta de vocaciones, se salió adelante, y poco a poco fue creciendo el número de seminaristas y seguramente su calidad también. Se siguieron fielmente las orientaciones del Magisterio de la Iglesia y con mayor fuerza las directrices del Concilio Vaticano II en cuanto a los diversos aspectos de la formación.

Los datos históricos recogidos nos muestran que, durante el gobierno de Monseñor Augusto Trujillo Arango, nombrado por el Santo Padre Arzobispo de Tunja el 20 de febrero de 1970 y posesionado el 1º. de mayo, del mismo año (Sexto Obispo Titular y Segundo Arzobispo de Tunja: 1970-1998), continuó como Rector del Seminario Mayor el Padre Álvaro Raúl Jarro Tobos, hasta el 20 de junio de 1984 en que fue promovido al episcopado por el Papa Juan Pablo II.

Por este motivo, el ilustrísimo Señor Augusto Trujillo Arango nombró como Rector del Seminario Mayor al Padre Hugo Fernández Mora, llevando adelante la obra material que faltaba en la nueva sede, y la obra espiritual del Seminario, al cual le dedicó su vida (antes como profesor- formador-vicerrector) y ahora como Rector, aportándole toda su espiritualidad, ciencia y erudición, y el amor por la Sagrada Escritura en cuyas ciencias se especializó ampliamente en la ciudad de Roma. El Padre Hugo, hecho miembro del Capítulo Catedral, estuvo al frente de la Rectoría por espacio de 14 años (Vigésimo Sexto rector: 1984-1998), tratando de darle la impronta al Seminario como “escuela de Jesús”, que prepara apóstoles para la Nueva Evangelización en el Nuevo Milenio . 

El 14 de marzo de 1998 tomó posesión como nuevo Arzobispo de Tunja Monseñor Luis Augusto Castro Quiroga (Séptimo Obispo Titular y Tercer arzobispo de Tunja: 1998-…), y en junio del mismo año nombró al Padre Hugo Fernández, por solicitud de los señores Obispos, como Director del Departamento de Doctrina de la Conferencia Episcopal de Colombia; y como nuevo Rector del Seminario Mayor al Padre Carlos Germán Mesa Ruiz, que se estaba desempeñando como procurador del mismo. El Padre Carlos Germán Mesa asumió este cargo a partir del 22 de junio de 1998 (Vigésimo Séptimo Rector: 1998 -2003).

Con el propósito de cualificar la formación académica de los futuros pastores de la Iglesia, el 28 de agosto de 1998, el Arzobispo de Tunja Monseñor Luis Augusto Castro Quiroga, presentó a la Pontificia Universidad Javeriana la petición de afiliación del Seminario Conciliar de Tunja. Este proyecto llegó a feliz realización el 9 de diciembre de 2003, fecha en la cual la Congregación para la Institución Católica, por la solicitud presentada conforme a la ley por el Gran Canciller, Reverendísimo Superior General de la Compañía de Jesús, una vez examinado el Convenio firmado el 7 de octubre de 2003 entre el Arzobispo de Tunja y el Reverendísimo Rector de la Pontificia Universidad Javeriana, aprobó para un período de cinco años la Afiliación del Cuatrenio Teológico del Seminario Conciliar de Tunja a la Facultad de Teología de la Pontificia Universidad Javeriana, con la potestad de conferir el grado académico de Bachillerato en Sagrada Teología a los estudiantes que cumplieran con el currículo de estudios. Posteriormente, con la segunda renovación de la afiliación el 23 de agosto 2013, el convenio se amplió al campo civil para poder otorgar el título de Licenciado en Teología. 

Como aspectos novedosos del Seminario Mayor de Tunja en estos últimos años, se pueden anotar: el mayor cuidado al curso introductorio, en su formación inicial de Seminario, en todos los aspectos humano, espiritual, intelectual y pastoral. Están asistidos por dos formadores y dos seminaristas diáconos, y el sitio, aunque no totalmente aparte del resto de la comunidad, sí tiene bastantes momentos de especial formación, en unos espacios y lugares (oratorio, estudio, aula y dormitorios) -llamado “Betania”- adaptados para tal fin.

Dentro del proceso de formación sacerdotal que ofrece el Seminario, se institucionalizó desde el año Jubilar el “año de formación pastoral” al terminar el I año de teología, para que el seminarista pueda vivir una experiencia fuerte de encuentro con la comunidad parroquial, conozca y viva el plan pastoral diocesano, fortalezca su vocación y motivaciones y a la vez pueda ser una ocasión de un mayor discernimiento vocacional. En el año 2001 se completaron 2 años de experiencia, con excelentes resultados.

También, y por disposición del Señor Arzobispo, se inició el Año Jubilar con la experiencia del Seminario de adultos. Para este fin, fue adecuado un sector especial con un Padre como director, y 8 candidatos.

A partir del año 2016, la Iglesia universal promulgó unas nuevas directrices para la formación de los sacerdotes en los seminarios con el documento “Ratio Fundamentalis” con el fin de responder a los nuevos retos, exigencias y desafíos del mundo actual, lo que implicó una reorganización de los procesos formativos. Monseñor. Gabriel Ángel Villa Vahos en el año 2020, atendiendo a las indicaciones universales y nacionales, dinamiza este proceso encomendando al equipo de formadores el diseño y aplicación de dichos documentos. 

1. Señor Severo García Barreto (1882-1886)
2. Señor José Benigno Perilla (1887-1903)
3. Señor Eduardo Maldonado Calvo (1906-1932)
4. Señor Crisanto Luque Sánchez (1932-1950)
5. Señor Ángel María Ocampo Berrío (1951-1964; Primer arzobispo de Tunja desde 1964)
6. Mons. Augusto Trujillo Arango (1970-1998)
7. Mons. Luis Augusto Castro Quiroga (1998-2020.)
8. Mons. Gabriel Ángel Villa Vahos 2021- Actual

1. Mons. Bonifacio Toscano (1881-1883)
2. Padre Pedro J Max (1883 -1884)
3. Padre Aquilino Niño (1884 -1887)
4. Padre Adolfo Perea (1887-1888)
5. Padre Manuel García Camargo (1888 -1891)
6. Padre Juan Bret (1891 -1892)
7. Padre José Prom (1892 -1896)
8. Padre Constantino Veltin (1896 -1901)
9. Padre Prom (1901- 1907)
10. Mons. José María Potier (1907-1924)
11. Padre Francisco Antonio Hernández (1924-1934).
12. Padre Martiniano Trujillo (1934-1938).
13. Mons. Bernardo Botero (1938-1944)
14. Padre Antonio José Reyes (1944-1948)
15. Padre Guillermo Herremans (1948 1949)
16. Padre José Naranjo (1949-1951)
17. Padre Felipe Santiago Cuervo (1951-1953).
18. Padre Juan Eliseo Mojica (1953-1958).
19. Padre Juan Mojica Márquez (1958 -1963)
20. Mons. Pedro León Gómez (1963-1965).
21. Padre Álvaro Raúl Jarro Tobos (1965-1984)
22. Padre Hugo Fernández Mora (1984-1998)
23. Padre Carlos Germán Mesa (1998 -2003).
24. Padre Jaime Muñoz Pedroza (2003- 2010)
25. Padre. Froilán Casas (2011- 2012)
26. Mons. Rafael Medina Ramos (2012 -2021)
27. Padre. Jorge Enrique Galvis Sepúlveda (2021 Actual).